En français on parle de « dominer son sujet ».

Est-ce que vous dominez bien le projet Alpha ?

Le verbe « dominer » peut aussi bien s’employer au sens propre :

J’ai pris la photo du haut du toit de façon à bien dominer l’ensemble de la scène.

ou métaphorique :

Tout se passe parfaitement, je domine bien la situation.

Dominer can be used in its literal sense or figurative sense (your sentence).

After your edit the following seem well suited for what you want to say :

Using “maîtriser” (control in English)

Est-ce que vous maîtriser bien le projet Alpha ?

There’s the phrase « avoir les choses en main » :

Est-ce que vous avez le projet bien en main ? »

But you cannot ask if the person is au-dessus des choses which no one would understand in that case.
If someone is au-dessus des choses it can either mean that he shows contempt, or at least that he doesn’t care.

Along the lines of “Are you (still) in control?” I’d suggest:

Est-ce que vous maîtrisez (toujours) la situation ?

If you want to be specific about the project:

Est-ce que vous maîtrisez la situation du projet Alpha ?

The latter sounds a little more pragmatic.

Also, reusing an expression suggested by Laure.

Est-ce que vous avez la situation bien en main ?

And this is, I believe, what corresponds best to your request. But I might be wrong since the context is not clearly set up.

Note: To be “au-dessus des choses” is highly connoted and can mean “having full understanding”, or “to be unconcerned” and the reason could be indifference or hauhgtiness. “Êtes-vous au dessus des choses ?” might well be interpreted as a sarcastic way of saying “Are you so pretentious as to not give a damn?”.