Le mot-valise construit sur le modèle de l’anglais freeware avec les mots « gratis » et « logiciel (wiki) est-il reconnu ?

Oui, les mots gratuiciel et graticiel sont connus ou facilement compréhensibles, dans le milieu informatique au moins. Il y a cependant très souvent une confusion/ambiguïté entre les freewares, les sharewares (partagiciels), les logiciels libres (free software), les logiciels open source (code source ouvert) et les logiciels du domain public (public domain software).

Son usage est-il répandu ?

Pas vraiment. Je ne rencontre jamais grat(u)iciel à l’oral où c’est soit freeware, soit logiciel gratuit qui prévaut. Ils sont aussi distancés à l’écrit :

Pourrait-on confondre le mot avec le gratte-ciel (prononciations similaires) ?

Non. Les prononciations sont clairement distinctes, deux syllabes pour gratte-ciel contre trois pour gratuiciel/graticiel.