Je cite le dictionnaire historique de la langue française (sld Alain Rey, ed. 1998) :

Désoler est emprunté (fin XII^e s.) au latin desolare « dépeupler, ravager » et, à basse époque, « déserter, abandonner, priver de » (surtout au participe passé), par opposition à consolare (→ consoler). Ce verbe est le composé intensif en de– de solare « dépeupler », proprement « laisser seul », de solus (→ seul).

D’abord proche du mot latin, désoler était employé au participe passé pour « déserté » et à l’actif pour « ravager, dépeupler » (1350). Il a pris au XIV^e s. sa valeur morale actuelle de « plonger dans une affliction extrême », souvent affaiblie, depuis 1672, en « contrarier, ennuyer », notamment dans l’usage poli, au participe passé (je suis désolé).