Dans ce cas présent, même si ce type de formulation est rare, je pense que la construction peut s’employer. Les deux notions sont en effet bien distinctes (et nécessaires pour la bonne compréhension de la phrase).

En général = quelque chose qui arrive souvent (mais pas toujours)

En fait = permet d’insister sur un événement qui arrive alors qu’on
pourrait s’attendre au contraire.

Supprimer “en général” reviendrait à dire que la force vectorielle ne passe jamais par le centre de masse, ce qui est faux. Supprimer “en fait” enlève le lien avec la phrase précédente, ce qui complique la compréhension.

Toutefois, la double mise en avant n’est pas conseillée car elle alourdit le texte. Je propose donc la phrase suivante (sans changer le sens du texte)

En fait, elle ne passe généralement pas par le centre de masse…

Il faudrait tout d’abord que le début de votre traduction soit légèrement ajusté:

Bien que Eq. 4/1, en tant qu’équation vectorielle, exige que le vecteur d’accélération ait la même direction que la force externe résultante,[and so on]

It seems quite natural to keep “en fait” on the condition of placing it first and placing “général” somewhere else; you can thus keep the indication inherent in the English, that is the indication that the situation is really different from what could be elicited from the first sentence.

• En fait, elle ne passe pas, en général, par le centre de masse…

• En fait, en général, elle ne passe pas par le centre de masse…

• En fait, elle ne passe en général pas par le centre de masse…