Comme beaucoup d’expressions toutes faites, elles n’ont pas vraiment d’étymologies évidentes, et si elles en ont, elles peuvent faire alors référence à du vocabulaire et des tournures désuettes de nos jours.

C’est alors plus une question d’habitude, de compréhension poussée de la langue, de pratique intensive, que d’une véritable logique, qui permettrait de savoir si telle ou telle combinaison de mots est en fait une expression idiomatique, et ne doit pas être prise et traduite littéralement.

Remarque cependant que pour beaucoup de ces expressions que tu cites en exemple, un simple coup d’œil à un dictionnaire aurait pu te fournir les définitions correspondant au sens que tu cherchais à comprendre.

Il n’y a pas de règles.

Le premier signe, et le plus important, est que la signification directe ne convient pas aux contextes où l’expression est employée ou qu’elle a une structure grammaticale étrange.

Le deuxième est que le dictionnaire a une entrée pour traiter le cas (mais il faut avoir un dictionnaire assez complet).

Les pronoms en, y et les verbes pronominaux sont coutumiers du fait de donner à une expression un sens difficilement analysable. Leur présence est donc un troisième signe.