Je pense que la deuxième formulation devient-il est la seule grammaticalement correcte. Du moins c’est celle que j’emploierais à l’écrit, même dans un mail plutôt informel.

La première est compréhensible et éventuellement utilisée à l’orale, même si j’aurais tendance à accentuer la question en disant par exemple : Tu sais comment un lieu devient agréable ?

Normalement, dans une phrase interrogative il y a inversion du sujet.

Comment devient-il agréable ?

Quand le sujet est complexe, on devrait avoir

*Comment devient un lieu agréable ?

qui ne se dit pas. On laisse le sujet en place, et on utilise un pronom de reprise :

Comment un lieu devient-il agréable ?

L’absence du pronom de reprise n’est pas envisagée par Grevisse (ou du moins, je n’ai pas trouvé où), ce qui semble confirmer l’impression qu’elle est incorrecte.

Mon correcteur Antidote 8 indique que la première phrase est fautive et requiert l’inversion:

Il y a une subtilité d’usage, s’il s’agit de donner une impression d’interrogation pour attirer l’attention sur la solution que l’on va proposer :

Comment un lieu devient agréable? : en appliquant la bonne solution
….

Sinon, le pronom est nécessaire, surtout si le locuteur/scripteur espère une réponse : il lèvera alors toute ambiguïté sur son attente.

A l’oral, l’intonation peut se substituer au pronom, et il peut être parfois omit sans gêner le dialogue.