No. Depending on how strong you feel the two clauses are linked, you can use a coma or a period. More, en effet is sometimes not placed between the two clauses, but in the middle of the second one. Self referential example:

Utiliser cette locution n’est pas simple pour des locuteurs non-natifs. Une des difficultés de son emploi est, en effet, la variété des positions qu’il peut prendre dans la phrase.