In your sentences, mauvais and fatigué apply to poire and elle. One should then say:

• Cette poire a l’air mauvaise. (That pear looks bad)

• Elle à l’air fatiguée. (She looks tired, she seems to be tired)

On the opposite, when the adjective applies to air and elle is a person, not an object, it should stay masculine:

• Elle a l’air mauvais. (She looks nasty, she has a nasty face))

but

• Elle a l’air mauvaise. (She looks ungifted, she doesn’t seem to be skilled)

Mauvais et fatigué se rapportent à la poire et à « elle », on dira donc:

• Cette poire a l’air mauvaise.

• Elle à l’air fatiguée.

En revanche, quand l’adjectif se rapporte à air et que « elle » se rapporte à une personne, pas un objet, il ne doit pas y avoir d’accord :

• Elle a l’air mauvais. (Sa physionomie est désagréable)

mais

• Elle a l’air mauvaise. (Elle ne semble ne pas être douée)

To complete the previous answer, avoir l’air is an attributive verb, like être (be), devenir (become), paraître, sembler, etc. With such verbs, what comes after (adjective) is the attribute and therefore agrees with the subject.

Cette dame a l’air perdue. (This lady seems lost)

Cette dame est perdue. (This lady is lost)

Of course, sometimes, avoir l’air can be the verb avoir plus the direct object l’air. In that case, the adjective agrees with what it completes, in that case the noun air.

Ces hommes ont l’air bêtes. (These men seem mean)

Ces hommes ont l’air bête. (These men have a dumb look)