Oui, on peut l’entendre ainsi. (Et de bons auteurs utilisent c’est-à-dire en ce sens.)

Je ne l’utilise personnellement pas dans ce sens à l’oral car, contrairement à qu’est ce que ça veut dire, la nature interrogative de la phrase n’est pas explicite.

Quant un locuteur utilise c’est-à-dire il signifie en général qu’il va poursuivre son énoncé par une précision sur / une reformulation de ce qui précède :

• J’ai passé une nuit blanche.
• C’est à dire que tu n’as pas dormi.

En d’autres termes, si mon interlocuteur ne marque pas par l’intonation une finale interrogative, après un :

• C’est à dire

J’attendrai qu’il poursuive lui-même plutôt que de lui répondre immédiatement.

Une solution évidente serait d’utiliser plutôt qu’est-ce à dire qui marque l’interrogation mais cette inversion a vieilli, surtout à l’oral.

The two are different words, they cannot be used in the same context to mean the same thing. “That is” can be used to mean for example/instance. While ‘What does this mean?’ is used for asking a question.

As already answered, both can be used to mean the very same thing.

A difference is that qu’est-ce à dire, like other interrogatives using an inversion, is less mainstream and more formal. On the opposite, you might hear qu’est-ce ça veut dire ? (dropping que), ça veut dire quoi / tu veux dire quoi ? in colloquial spoken French.

There might also be a slight nuance. Qu’est-ce que ça veut dire ? often simply means that the wording of what has been said is not understood while qu’est-ce à dire ? might mean that while the words are understood, the underlying meaning need to be clarified like with qu’est-ce que tu veux dire par là / qu’est-ce qui est sous entendu par là ?