La différence vient de l’emploi du temps, et non d’une expression particulière :

Le passé composé exprime une action passée achevée:

• Une action passée dont l’effet dure encore quand on en parle:

  J’ai cru que ces médicaments la calmeraient.

• Une vérité générale:

  De tout temps l’homme a été un loup pour l’homme.

Le plus-que-parfait exprime une action passée, achevée, d’une durée plutôt longue et antérieure à une autre action passée:

L’homme reconnut qu’il avait fait une bêtise.

— D’après FrançaisFacile.com

Ta première phrase dénote qu’on vient de s’empiffrer.

La seconde est un constat simple, on ne s’est pas empiffré pendant une certaine période.

C’est quasiment ça, avec une petite nuance sur la 2eme phrase. Cette expression exprime une longue période pendant laquelle on n’a pas fait quelque chose.

Au passé, l’attente est terminée, donc on vient de faire ce dont on parle.

Au présent, l’attente n’est pas terminée. On peut le dire juste avant de faire ce dont on parle, mais pas forcément. C’est même plus souvent utilisé quand on y pense mais qu’on n’est pas sur le point de le faire. Par exemple, on passe devant un buffet à volonté et on se dit “Tiens, ça fait longtemps que je me suis pas empiffré…”.

Personnellement, ça m’arrive même d’utiliser “faisait” juste avant, mais quand je suis sûr de faire la chose. Dans la file d’attente du cinéma, ou en entrant dans le restaurant par exemple. On a passé le point de non retour donc on peut considérer que l’attente est bel est bien terminée.

Teleporting Goat said it all:

Ça fait longtemps que je ne me suis pas empiffré.

Present: I am waiting, a frustration.

Ça faisait longtemps que je ne m’étais pas empiffré comme ça.

Past: I have been waiting, refers to a current or recent action, a relief.

The alternative is just a more spoken form (“faire” vs “être”), but the decisive bit is the presence of past tense, the same rule should apply:

Il y a longtemps que je ne m’étais pas empiffré comme ça.

Il y avait longtemps que je ne m’étais pas empiffré comme ça.

Il n’y a pas de différence entre :

Il y a (un temps) que...
Cela fait (un temps) que...
Voici (un temps) que...

où (un temps) peut être remplacé par deux ans, deux heures, longtemps, etc.
Après, vous pouvez écrire :

Il y a (un temps) que je ne me suis pas empiffré.

C’est un constat, présent de l’indicatif. Ni bien, ni mal.

Il y a (un temps) que je ne m’étais pas empiffré.

La proposition principale est au présent, la subordonnée à l’imparfait. Cela (s’empiffrer) vient de se produire.

Il y avait (un temps) que je m’étais pas empiffré.

La principale est au passé. Elle peut faire référence à un “empiffrage” récent, certes, mais pas forcément :

A cette époque j’étais jeune, il y avait (un temps) que je ne m’étais
pas empiffré et j’ai tout rendu.

C’est généreux 🙂