Autrefois, le “grain” était une unité de mesure utilisée par les
bijoutiers et les pharmaciens. Celle-ci correspondait à une petite
quantité. L’expression “avoir un grain” a été attestée par l’Académie
en 1740, et signifie qu’une personne est un peu folle.
http://www.linternaute.com/expression/langue-francaise/571/avoir-un-grain/

Un grain est (entre autres sens) un phénomène de perturbations avec instabilité des conditions météorologiques qui se traduit par des vents violents variant très rapidement.
Une personne qui a un grain est une personne qui a des perturbations psychologiques et dont le comportement ne correspond pas à un comportement « normal ».

On peut aussi penser qu’un grain (au sens physique : une petite particule) bloque les rouages de la raison, le mécanisme de la raison étant coincé, la personne ne se comporte plus normalement, elle est folle.

Y aurait-il un lien avec la “pierre de folie” ? (qui était soit disant retirée du front de malades atteints de maladies psychiatriques par quantité de charlatans et médecins au XVI et XVII)