La note se met avant, cela me parait évident sauf si, cas très particulier, la virgule ferait partie d’une citation ou de quelque chose de ce genre (et encore car alors il y aurait un guillemet fermant après).

L’orthotypographie recommande de placer l’appel de note avant la virgule (et recommande une espace fine insécable avant l’appel de note, ce que L^AT_EX semble très bien faire tout seul).

Cependant, cette discussion sur Typophile, bien qu’elle concerne la langue anglaise, apporte des arguments qui vont dans l’autre sens. Leur consensus semble être que si la note porte sur l’ensemble de la phrase (ou de l’extrait de phrase) terminé par un point (ou une virgule), alors l’appel de note a plus de sens situé ensuite.

Chaque semaine, nous mangions goulûment des tartes¹.

Chaque semaine, nous mangions goulûment des tartes.²

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1. Les tartes aux fraises étaient à l’époque mes préférées.
2. Ce qui est très certainement à l’origine de mon embonpoint.

Dans le premier cas, la note se rapporte au mot « tarte », dans le second cas, à la phrase « Nous mangions […] ». Remarquons que la discussion concerne la typographie de l’anglais. Bien que l’argument soit logique, cela pourrait sembler inhabituel dans un texte français.

La même discussion recommande toutefois de rapprocher un peu l’exposant et la ponctuation. Peut-être L^AT_EX s’en charge-t-il là encore ? Peut-être avec le paquet microtype ?

Extrait du chapitre appel de note du Lexique des règles typographiques en usage à l’imprimerie nationale :

Dans le texte, l’appel de note se place immédiatement après le mot ou
le groupe de mot auquel il se rapporte et dont il est séparé soit par
une espace forte insécable, s’il est lui-même entre parenthèses, soit
par une espace fine insécable, s’il est composé en chiffres ou lettres
supérieurs. L’appel de note ne doit jamais être rejeté au commencement
d’une ligne.

L’appel de note précède donc toujours le signe de ponctuation. En fin de phrase, il sera suivi d’un point final, même s’il est précédé
du point accompagnant un mot abrégé. En fin de citation, il se place
avant le guillemet fermant. […]

Dans un système d’appels de note entre
parenthèses, l’appel accompagnant une phrase elle-même entre
parenthèses se place entre crochet.

Bonjour,

Dans le cas d’une citation, si l’Imprimerie nationale préconise dans son Lexique des règles typographiques en usage à l’Imprimerie nationale de le placer à l’intérieur des guillemets avant le signe de ponctuation (ce qui est parfaitement illogique) avec avant un espace fine insécable, d’autres ouvrages comme le Manuel de typographie élémentaire de Perrousseaux et le Guide du typographe de l’Association suisse des typographes, indiquent en revanche qu’il faut le placer après les guillemets.

Exemples :

1. Règle Imprimerie nationale : « Le pouvoir lui-même n’est considéré que parce qu’il conduit à la fortune[1]. »

2. Règle courante plus logique : « Quand je voyais mon père se promener d’une fenêtre à l’autre, voûté, les mains derrière le dos, silencieux, le regard profond, je me demandais : “À quoi pense-t-il ?”
Aujourd’hui, je le sais par moi-même qui me promène comme lui, avec son air, et je peux répondre en toute certitude : “À rien”. »[2]

La seconde règle, plus claire et plus élégante, a tendance à remplacer aujourd’hui la vielle norme de l’Imprimerie nationale.

Lorsqu’il ne s’agit pas d’une citation, l’appel de note se place généralement avant le signe de ponctuation.

Cependant, les universitaires ont tendance à adopter la nouvelle règle qui consiste à placer l’appel de note là où il fait sens.

Exemples :

1. Le juriste voit l’homme dans toute sa méchanceté,[1] le théologien, dans toute sa sottise.

2. Le juriste voit l’homme dans toute sa méchanceté[2], le théologien, dans toute sa sottise.

[1] C’est la vision de Schopenhauer.

[2] Selon Aristote : « Si la vertu ne suffit pas à assurer le bonheur, la méchanceté suffit à rendre malheureux. » (Ethique à Nicomaque)