… vous n’auriez pas pensé à la façon dont il l’ont fait (plutôt mot
à mot)

… Vous n’auriez pas imaginé comment ils l’ont réalisé

… vous ne pouviez pas imaginer comment cela a été fait

N.B. base anglophone trop faible : pas très sûr du temps du verbe avoir : on doit pouvoir aussi utiliser vous n’auriez pu

The translation would be better if we had the whole sentence, but the quoted part would probably translate to :

…bien que vous ne l’eussiez pas pensé, eu égard à leurs actes.

or, more casually :

…même si vous ne l’auriez pas pensé d’après leurs actes.

or, less litterally :

…bien que leurs actes ne le laissaient pas penser.

This third version being, in my humble opinion, more euphonious (euphonic ?) and naturally-sounding in french than the first two.

The following should fit when the phrase strengthens the hypothesis it is reffering to. (Have a look at this question on EL&U, luckily it is the case in the context you provided.)

… bien que la façon dont ils se sont comportés ne le laissait pas supposer.

Here “though you wouldn’t think it from [X]” is translated as “bien que [X] ne le laissait pas supposer”.
Instead of bien que, which is closer to even though, a few alternatives exist:

• même si, (also strenghtens the hypothesis)
• cependant, encore que, pourtant, (may weaken the hypothesis)
• mais, quoique (quite neutral).

Within the context you provided, a conditional mood might fit better:

Ils travaillent dur, bien que la façon dont ils se comportent en classe ne l’aurait pas laissé supposer.

Also, I don’t think that “Qui l’eût cru ?”, which is nevertheless a very good idea by Yves, can be used in this context. It suggests strong surprise, related to a revelation backed by evidence.

And, in casual speak, one would probably use the idiomatic phrasing given by Gilles:

Ils travaillent dur. On (ne) (l’) aurait (pourtant) pas dit à la façon dont ils se comportent en classe !

But, be aware that without a conjunction like bien que, one could perceive the first sentence as sarcasm.

Here are some idiomatic phrases, but more likely to be heard than to be read.

alors qu’on n’y aurait pas pensé en les voyant (agir de cette façon)

alors que personne n’y aurait pensé en les voyant…

“en les voyant”: looking at them

alors qu’il ne (me, nous, te, etc. or nothing) serait pas venu à l’idée de penser ça en les voyant…

alors que ça ne (me, nous, te, etc. or nothing) serait pas venu à l’idée en les voyant…

There is an old French saying which is often used in similar situations (but you can’t ’embed’ it in a phrase):

Qui l’eût cru ?

Who would have believed this (before seeing the evidence)?

For instance:

Le petit chaperon rouge a tué le loup à mains nues et avec ses dents,
alors qu’on n’y aurait pas pensé en la voyant se promener tranquillement
dans la forêt.

Légèrement informel, mais je trouve cela bien plus idiomatique que les autres formulations proposées :

On ne dirait pas à les voir jouer.
On ne dirait pas, vu leur façon de jouer.

On peut utiliser le conditionnel passé (« on ne l’aurait pas dit ») pour marquer que l’apparence est fausse. Le conditionnel présent (« on ne dirait pas ») peut être utilisé que l’apparence soit vraie ou fausse.

« On ne dirait pas » est à peu près équivalent de « you wouldn’t think it ». Exemple :

Ce sont des professionnels. On ne dirait pourtant pas à les voir jouer.
They are professionals, though you wouldn’t think that from the way they act.