Pour répondre à la question, elle ne peut servir à rien sous entend que la commande n’a pas d’utilité dans l’absolu (elle n’a pas d’effet); alors que elle ne peut servir en rien sous entend qu’elle a une utilité mais pas dans le cas présent. Je pense donc que la formulation la plus adaptée ici serait en rien.

Comme indiqué dans les commentaires la formulation est lourde, pour paraphraser tout en utilisant en rien pourquoi ne pas dire :

Commande manuelle qui arrête une execution en cours, ce qui n’aide en rien pour des instructions qui ne durent qu’une fraction de seconde.

La formule habituelle est ne servir à rien. Utiliser en n’est pas totalement impossible mais tout de même cent à deux cent fois moins courant.

_{Note hors-sujet: L’explication serait plus facilement compréhensible si elle était remaniée comme ceci :}

Cette commande interrompt un processus en cours d’exécution. Elle n’a autrement pas d’effet, c’est à dire si elle est exécutée avant que le processus soit lancé ou après qu’il se soit achevé par exemple parce qu’il ne durait qu’une fraction de seconde.